有肛门直肠周围脓肿史肛周流脓、疼痛、瘙痒，肛旁有瘘管外口，可伴有全身症状。肛瘘一般由原发性内口、瘘管和继发性外口3部分组成，也有仅具内口或外口者。内口为原发性，绝大多数在肛管齿线处的肛窦内；外口是继发的，在肛门周围皮肤上，常不止一个。
分类按内、外口瘘管分为单纯性、复杂性两种；按外括约肌深层上下分为高位瘘、低位瘘两种。
内口规律肛瘘外口在3点钟、9点钟前面，外口距肛缘4厘米内，瘘管直行，内口在相对应部位；外口在3点钟、9点钟后面，或外口距肛缘4厘米外，瘘管弯曲，内口在后正中部位。寻找内口方法有经外口插管注入染料、探针探查、瘘管造影、手术探查等。
湿热下注外口凸起较小，扪得硬索状物，脓水稠厚，伴发热口干，便秘尿赤，苔黄，脉弦数。
阴虚邪恋外口凹陷宽大，边缘不齐，硬索状物不显，周围皮肤暗紫，脓水稀薄，伴潮热盗汗，消瘦贫血，舌淡，脉细数。
汤药（1）湿热下注：二妙丸合萆薢渗湿汤加减。黄柏10克，苍术10克，萆薢10克，茯苓10克，丹皮10克，泽泻10克，薏苡仁20克。（2）阴虚邪恋：青蒿鳖甲汤加减。青蒿10克，鳖甲10克，生地黄15克，丹皮10克，知母10克，连翘10克。
中成药湿热下注用连翘败毒丸。阴虚邪恋用小败毒膏。
单验方（1）栀子、金银花、蒲公英各15克，水煎内服，每日两三次。（2）苦参、黄柏、蛇床子、蚤休、苍术、土茯苓各15克，水煎，先熏后洗。
外治法
手术方法包括切开法、挂线法、切开加挂线法。术后处理：便后中药坐浴，换药。换药时注意应让肉芽从基底生长，不时收紧挂线，并应用祛腐生肌药。
手术的关键是正确找到内口，切开或切除之，操作过程中注意保护括约肌，要使愈合后的肛门、肛管不发生畸形或狭窄。术后内服中药并通便，保持肛门干燥清洁。（据《乡村中医适宜技术》）
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